국세청, 미래전략산업 연구개발 기업 대상…세정지원 추진

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국세청, 미래전략산업 연구개발 기업 대상…세정지원 추진

메디컬월드뉴스 2026-02-04 22:05:58 신고

3줄요약

국세청이 AI, 반도체, 항공·우주 등 미래전략산업 연구개발 기업을 대상으로 사후검증 유예, 전용 상담창구 설치 등 파격적인 세정지원을 추진한다.

임광현 국세청장은 4일 대전 유성구 대덕연구개발특구를 방문해 입주기업 대표 10명과 간담회를 통해 “연구개발은 국가경쟁력의 핵심 동력”이라며 R&D 세액공제 사후검증 1년간 유예, 신산업·신기술 중소기업에 대한 자금 유동성 지원, 세무상담 전용창구 설치 등 3대 세정지원 방안을 발표했다. 

◆연구개발 기업 세무부담 대폭 완화

국세청은 연구개발 기업이 세무 검증 부담 없이 연구개발에만 전념할 수 있도록 연구개발특구 내 중소기업 약 1만 3500개에 대한 연구·인력개발비 세액공제 사후검증을 1년간 유예한다. 

대상 기업은 대덕특구 등 6개 광역특구 약 1만 1,800개와 13개 강소특구 약 1700개 중소기업이다.

또한 신산업·신기술 중소기업 등 미래성장 세정지원 기업이 일시적인 자금난으로 납부기한 연장을 신청할 경우 최대 9개월까지 연장하고, 최대 1억원 한도로 납세담보를 면제한다.

연구개발 중소기업이 ‘연구·인력개발비 세액공제 사전심사’를 신청하는 경우에는 우선처리 대상에 포함해 접수순서와 관계없이 최우선 심사하여 세무상 불확실성을 조기에 해소할 수 있도록 지원한다. 

사전심사 제도는 기업의 연구·인력개발 지출 비용이 세액공제 적용 가능한지 여부를 사전에 확인해주는 제도다.


◆R&D 기업 전용 상담창구 운영

대전지방국세청은 ‘R&D 기업 전용 상담창구(핫라인)’를 운영해 연구개발 활동 및 공제대상 비용 여부 등 세액공제 관련 문의에 신속하게 대응한다. 

이 상담창구는 국세청(연구개발지원과), 대전지방국세청, 기술심사기관(12개 기관), 입주기업, 담당제공 등을 연결하는 통합 지원 시스템으로 운영된다.

대덕연구개발특구 중소기업을 위해 공제·감면 및 가업상속공제 등에 대한 찾아가는 설명회와 방문 컨설팅을 실시해 실질적으로 도움이 되는 세제 혜택을 놓치지 않도록 지원한다. 

지원 내용은 사업 단계별(창업, 투자·자금조달, 사업수행, 재무구조 개선) 맞춤형 세정지원이다.

신생 연구개발 기업들을 대상으로는 R&D 세액공제 가능 여부를 판단하는데 도움이 되도록 현장 방문설명회를 실시하고, ‘연구·인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인’ 책자 등 연구개발 관련 도움자료를 다양하게 제공한다.


◆법령·제도 개선 적극 협의

국세청은 연구개발 기업이 지속적으로 성장·발전할 수 있도록 세액공제 확대, 사전심사 신청기업에 대한 인센티브 지원 등 법령·제도 개선 방안을 재정경제부, 과학기술정보통신부 등 유관기관과 적극 협의해 나간다.

R&D 세액공제 외의 다른 공제·감면 적용에 어려움을 겪고 있는 중소법인의 성실신고를 지원하기 위해 ‘법인세 공제·감면 컨설팅’ 제도를 지속 운영하고, 적용 가능한 공제·감면 항목도 선제적으로 안내한다.

◆기업 현장 목소리 적극 반영

이날 간담회에서 한 입주기업 대표는 “연구개발 기업의 특성상 연구개발 성공까지 장기간이 소요되어 경영상 어려움이 크고, 대규모의 자금 투입이 필요하다”며 “연구개발특구 입주기업에 대한 R&D 세액공제 사후관리 면제 및 자금 유동성 지원 등 적극적인 세정지원이 필요하다”고 건의했다.

다른 입주기업 대표는 “연구단지에 입주한 신생기업들은 세무분야 지식이 상대적으로 부족하나, 특구 내 입주기업들이 직접 소통할 수 있는 창구가 없어 세무상 어려움이 많다”고 의견을 제시했다.

임광현 청장은 간담회 마무리 발언으로 “현장중심의 세정지원이 무엇보다 중요한 시점”이라며 “‘세금애로 해소센터’를 신설해 세무 관련 궁금증 해결을 지원하고, 수집된 불편사항은 제도개선에 반영하는 등 기업하기 좋은 환경 조성을 위해 최선의 노력을 다하겠다”고 밝혔다.

‘세금애로 해소센터’는 세무서 내에 공제·감면 혜택 안내, 유동성 지원 등 각종 세정지원제도에 대한 통합 안내를 제공하는 부서로 3월 중 개소 예정이다.


연구·인력개발비 세액공제 제도 활용

연구·인력개발비 세액공제는 연구·인력개발 활동을 통한 기업의 성장을 지원하기 위해 연구 및 인력 개발에 지출한 비용에 일정 비율을 적용해 법인세·소득세를 공제하는 제도다.

공제 대상은 연구개발을 위해 지출한 인건비, 재료비 등이며, 형식적 요건(연구소 또는 전담부서 보유)과 실질적 요건(과학적·기술적 진전을 위한 활동) 모두 충족해야 한다.

공제율은 일반 연구개발, 신성장·원천기술, 국가전략기술로 구분된다. 중소기업의 경우 일반 R&D는 당기분 방식 25%, 증가분 방식 50%가 적용되며, 신성장·원천기술은 30~40%, 국가전략기술은 40~50%까지 공제된다.

신성장·원천기술은 로봇, 항공·우주, 방위산업 등 14개 분야 273개 기술이 해당되며, 국가전략기술은 반도체, 이차전지, 인공지능 등 8개 분야 78개 기술이 포함된다.

사전심사 제도는 납세자의 신청에 의해 연구·인력개발비 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해주는 제도로, 심사 결과에 따라 세액공제를 신청한 경우 사후관리 제외 및 과소신고가산세가 면제된다. 홈택스, 우편, 세무서 방문을 통해 신청할 수 있다.

국세청 관계자는 “앞으로도 현장 소통을 강화하고 기업이 체감할 수 있는 세정지원 방안을 지속적으로 마련해 우리 경제의 안정적 성장을 뒷받침할 수 있도록 적극 노력하겠다”고 말했다.


한편 대덕연구개발특구는 대전광역시 유성구, 대덕구 일원에 조성된 총면적 4968만4000㎡ 규모의 연구개발 산업단지다. 

▲현장 간담회 개요,▲대덕연구개발특구 현황, ▲연구·인력개발비 세액공제 제도, ▲연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도, ▲법인세 공제·감면 컨설팅 제도 등은 (메디컬월드뉴스 자료실)을 참고하면 된다. 

[메디컬월드뉴스]


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