12일 기획처에 따르면 현재 전체 R&D 예산(2026년 35조5000억원)의 85.3%를 차지하는 주요 R&D 예산(2026년 30조5000억원)은 과기부 과학기술혁신본부에서 배분·조정안을 우선 마련하고, 이를 바탕으로 기획처가 최종 예산안을 편성하는 방식으로 운영되고 있다.
이러한 구조는 R&D 사업의 특수성을 고려한 기술적 검토와 재정적 관점에서의 분석을 동시에 반영할 수 있다는 장점이 있지만, 부처 간 칸막이로 소통이 원활하지 못했다는 일부 지적이 제기되기도 했다.
이에 기획처와 과학기술혁신본부는 R&D 예산편성 과정에서 사전 협의와 공동 검토를 강화하는 방향으로 부처 간 협업 방식을 한 단계 발전시켜 나가기로 했다. 이번 개편의 핵심은 기술적 전문성 검토와 재정 운용 원칙을 조화롭게 반영할 수 있도록 양 부처가 초기 단계부터 충분히 논의하고 책임을 공유하는 협력체계를 구축하는 것이다.
먼저 기획처와 과학기술혁신본부 간 협력·소통 채널을 제도화하기 위해 'R&D 예산 협의회'를 신설한다. 그동안 양 부처 간 소통이 실무 차원의 비공식 논의에 주로 의존하면서 주요 쟁점에 대한 협의가 체계적으로 이루어지기 어려웠다는 지적이 있었다.
이에 앞으로는 국장급 상설 협의체를 매월 1회 정례적으로 운영해 정부 R&D 중점 투자 방향, 지출 효율화 방안, 신규사업 검토 등 의제를 시기별로 폭넓게 논의할 계획이다. 아울러, 주요 사안에 대해서는 기획처 차관과 과기부 과학기술혁신본부장 간 차관급 협의도 진행해 나갈 예정이다.
다음으로 양 부처 예산편성 과정에 상호 참여를 확대한다. 우선 과학기술혁신본부가 주요 R&D 예산 배분·조정안을 마련하는 과정에 기획처가 참여할 수 있도록 개선한다. 구체적으로 국가과학기술자문회의 산하 전문위원회가 각 부처 제출 R&D 사업에 대한 심층 검토·자문을 수행하는 과정에 기획처도 참여해 각 사업의 내용과 전략적 필요성에 대한 이해도를 높여 나갈 계획이다.
또한, 기획처 예산편성 과정에서도 과기부 과학기술혁신본부 의견이 반영될 수 있도록 개선한다. 기획처는 자문회의를 거쳐 제출된 주요 R&D 배분·조정안을 조정하는 경우, 신설되는 상설 협의체 등을 통해 과기부 과학기술혁신본부와 사전에 충분히 논의하고 의견을 반영할 예정이다.
R&D 신규사업 관리 체계도 개선한다. 그동안 일부 부처와 지방정부가 과학기술혁신본부 검토 단계에서 제출되지 않은 사업을 기획처 편성 단계에서 제출하는 사례가 있었다. 이에 앞으로는 기획처 편성 단계에서 과학기술혁신본부 배분·조정안 마련 과정에서 검토되지 않은 신규사업 요구는 원칙적으로 제한할 계획이다. 이러한 신규사업 요구는 국가 정책적으로 중요하거나 시급한 사안에 한해서만 예외적으로 허용되며, 이 경우에도 적정 사업 규모 등에 대해 자문회의 검토를 받도록 한다.
이번에 마련된 개선방안은 2027년 예산안 편성 과정부터 즉시 적용되며, 양 부처는 앞으로도 확대되는 R&D 투자가 더욱 효율적으로 이루어지도록 R&D 예산편성 과정에서 상호 역할을 존중하며 긴밀히 협력해 나갈 계획이다.
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