표절논문으로 ‘수천만원’ 세액공제를?… ‘꼼수’ 걸리자

[세종=이데일리 김미영 기자] A기업은 지난해 연구개발 활동에 인건비 수천만원을 썼다면서 연구·인력개발비(R&D) 세액공제를 신청했다. 국세청이 ‘연구소 인정 현황이 확인되지 않는다’며 해명을 요구하자, 연구소 인정기관인 한국산업기술진흥협회(산기협)로부터 받은 문서를 제출했다. 하지만 국세청은 해명자료의 내용이 엉성하다고 판단, 산기협에 직접 확인했다. 이 결과 A기업은 사내 연구소를 운영했지만 자진취소했고 해명자료는 조작해 제출한 사실을 확인했다. 국세청은 A기업이 부당공제 받은 수천만원을 추징했다.

기업의 연구·인력개발 투자를 촉진해 대외경쟁력을 높이도록 도입한 R&D 세액공제 제도를 악용했다가 적발되는 기업이 늘고 있다. 국세청은 지난해 R&D 세액공제에 대한 사후검증을 벌여 부당공제 받은 기업 864곳을 적발하고 270억원을 추징했다고 20일 밝혔다. 2021년 기업 155곳에서 27억원을 추징한 데 비하면 추징세액 규모가 10배 늘었다.

[이데일리 김정훈 기자]

국세청은 부당공제를 색출하기 위해 전문심사관을 투입, 각종 신고자료와 인터넷 등을 통해 수집한 현장정보를 종합해서 혐의를 정밀 분석·검증했다.

특히 타인의 논문을 베껴 연구개발의 증거서류로 내고 세액공제 받은 경우가 적지 않았다. 대중에 공개돼 있는 학술지 논문의 그래픽 자료들을 살짝만 바꿔 실제로 연구개발한 것처럼 제출하는 식이다. 관리직원을 연구원으로 허위 등록하고 연구개발 활동 인건비를 세액공제 신청했다가 덜미 잡힌 기업도 있었다.

공제율을 높이려 꼼수를 부린 기업들도 여럿 적발됐다. 국세청은 세액공제율이 40%까지 적용되는 신성장·원천기술 세액공제를 신청한 기업들을 전수 분석해 실제로는 일반 연구개발 공제율 25%를 적용해야 할 기업 69곳을 확인했다. 이들 기업으로부터는 과다공제세액 62억원을 추징했다.

아울러 관계부처로부터 연구소를 인정받지 않았거나 연구소 인정이 취소된 기업 등에 대한 자료를 분석해 기업 178곳에 30억원을 추징했다.

정부는 이처럼 악의적인 부당공제엔 엄정 대응하면서도 선의의 피해자를 막기 위한 노력을 지속하고 있다. R&D 세액공제 사전심사제도가 대표적으로, 법인세와 소득세 신고 전 사전심사 신청을 독려하는 중이다.

기업이 사전심사 결과에 따라 신고하면 신고내용 확인 및 사후관리 대상에서 제외하고, 추후 심사 결과와 다르게 과세처분되더라도 가산세를 면제해준다. 이에 따라 사전심사 신청건수는 2020년 1547건에서 2024년 2504건으로 계속 늘고 있다.

올해는 사전심사 우선처리 대상에 ‘밸류업 표창 중소기업’, ‘국가전략기술’ 심사 신청기업을 추가해 혜택을 준다. 국세청은 전문심사관의 온라인설명회, 산기협과의 공동설명회 등 교육을 늘리고 R&D 사전심사 가이드라인 책자도 제작·배포할 예정이다.

국세청 관계자는 “허위 연구소 설립, 타인 논문 복제 등 지능적 탈세행위에 대한 정보수집 및 모니터링을 강화하고 연구개발 활동 불분명 기업에 대한 검증을 지속적으로 확대해 과세 사각지대를 줄여가겠다”고 말했다.