1989년 10월부터 1991년 3월까지 방위병으로 복무한 조 후보자는 1989년 2학기 입대를 앞두고 휴학했지만 다음 학기인 1990년 1학기에 복학해 군 복무를 마칠 때까지 대학원에 다닌 것으로 드러났다.
당시 병역법 제63조는 “고등학교 이상의 학교의 장은 징집·소집 또는 지원에 의해 입영하는 학생에 대해서는 입영과 동시에 휴학하게 하고 군 복무를 마친 때에는 원에 의해 복학시켜야 한다”고 규정하고 있다.
전 의원실은 해당 법에 근거해 서울대가 조 후보자의 석사과정 이수를 도운 것이 병역법 위반에 해당할 수 있다고 지적했다. 전 의원은 “군 복무 기간 대부분을 특혜받으며 본인 스펙을 쌓아온 조 후보자는 국민 상식과 눈높이에 맞지 않는다”고 주장했다.
조 후보자 측 인사청문준비단은 “조 후보자는 단기사병(방위병)으로 군 복무 기간 중 1990년 봄·가을학기와 1991년 3월 1∼13일 야간대학원에 다녔지만, 당시 병역법 등 관련 규정에 따르면 단기사병의 근무시간 이후 학업을 금지하는 조항은 없었다”고 설명했다.
이어 “후보자는 상관에 이를 사전에 보고했고, 후보자의 군 복무지와 야간대학원 모두 서울에 있어 주간에 군 근무를 마친 후 야간에 학업을 병행하는 게 가능했다”며 “병역법 제63조 취지는 병역으로 인해 학업 생활이 지장 받지 않도록 하는 조항이며, 입영 또는 복무로 학생이 학교에 등록하고 수강하는 것을 금지하는 조항은 아니다”라고 덧붙였다.
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