참여 의원은 진료서비스 보상 방식으로 통합수가제와 행위별수가제 중 하나를 선택할 수 있으며, 등록 환자의 본인부담금은 방식과 무관하게 현행 행위별수가 기준이 그대로 적용돼 추가 부담이 없다.
보상체계는 ▲진찰·검사·처치 등 진료서비스에 대한 보상 ▲교육·상담, 조정·연계 등 일차의료 핵심 기능 수행을 위한 일차의료서비스 보상 ▲다학제 팀 구성을 지원하는 운영지원 보상 ▲성과 평가 결과에 따라 지급하는 성과 보상으로 구성된다.
일차의료서비스는 진료서비스 보상 방식 선택과 무관하게 통합수가로만 보상되며, 진료서비스에서 통합수가제를 선택한 의원에는 수가체계 전환 지원 차원에서 30% 가산이 적용된다.
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