국민적 공분을 부른 6·3 지방선거 투표지 부족 사태와 선관위의 선거 관리 부실 의혹에 더해 외유성 출장, 부정 채용·채용 특혜, 수의계약 특혜 등 기관 운영·직무 관련 문제도 수사 대상에 포함됐다.
기본적인 수사 대상은 ▲ 지난 지방선거에서 발생한 투표용지 부족 사건 ▲ 선관위의 부실 선거 관리 의혹 ▲ 투표용지 축소인쇄 지침 결정 과정에서의 절차적 위법 ▲ 선거 관리 시스템 전산 입력 오류·통계 조작 사건 등이다.
특검 법안상 수사 대상에 "제9회 전국동시지방선거에서 발생한 투표율 집계 조작 등", "선거관리위원회 선거 관리 시스템 관리·보완 및 그 운영 실태 부실 등에 대한 의혹 사건", "수사 과정에서 인지된 관련 사건"이라고 명시해 수사 범위를 6·3 지선에만 한정하지 않았다는 논리다.
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