문제는 이에 따라 대학교수 노조도 '교원 노조는 어떤 정치활동도 해선 안 된다'는 교원노조법 3조 적용을 받게 되면서 발생했다.
대학교원은 공직선거에 입후보하는 등 정치활동 자유가 폭넓게 보장되는데도 교원노조법에 따라 정치활동이 금지되는 모순이 생겼다.
헌재는 또 현행법에 따르면 대학교수들이 노조 형식으로 결합한 경우 정치활동이 금지되는 반면, 같은 대학교원들이 노조가 아닌 단체 형식으로 결합한 경우나 강사 단체들은 정치활동이 허용되는 차별이 발생한다고도 짚었다.
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