일본뇌염의 가장 효과적인 예방법은 예방접종이다.
2013년 이후 출생자, 국가예방접종 대상 아동은 표준 예방접종 일정에 맞춰 접종할 것이 권고되며 과거 일본뇌염 예방접종 경험이 없는 만 18세 이상 성인 중 논이나 돼지 축사 인근 지역에 거주하는 경우에도 예방접종이 권고된다.
모기 물림을 예방하려면 모기가 활동하는 4월부터 10월까지 일몰 직후부터 일출 직전 사이 야외활동을 자제하고 밝은색 긴 옷을 착용하며 모기 기피제를 사용하는 것이 좋다.
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