우선 정부는 그동안 방첩사가 지녔던 ▲ 방첩·방산 관련 정보활동 ▲ 안보수사 ▲ 보안감사 등 기능을 다른 기관으로 분산 이관하기로 했다.
방첩·방산 관련 정보활동과 방산·사이버보안 업무는 새로 창설되는 '국방방첩본부'에 맡기고, 안보수사 기능과 계엄시 합동수사권은 방첩사 내 관련 조직 전체를 국방부 조사본부로 이관한다.
정부는 방첩사 해체와 함께 신설되는 국방방첩본부에 대해서도 내부 감찰 기능과 국회·국방부에 의한 민주적 통제 등을 강화하겠다는 방침이다.
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