조사국은 김대중 정부 시절인 1999년 처음 출범한 조직으로, 대기업 부당내부거래와 불공정행위에 대한 대규모 직권조사를 전담했다.
당시 현대·삼성·대우·LG·SK 등 주요 대기업집단을 상대로 전방위 기획조사를 벌이며 ‘공정위 내 중수부’ ‘재벌 저승사자’라는 별칭까지 붙었다.
현재는 카르텔조사국·기업집단감시국·기업결합심사국 등 기능별 조직 중심으로 사건을 처리하고 있지만, 조사국이 신설되면 특정 기업집단이나 산업 전반을 겨냥해 부서 간 칸막이를 허문 대규모 ‘기획 조사’가 한층 수월해지기 때문이다.
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