석탑의 조영 기법과 양식을 종합적으로 고려하면 비교적 명확한 건립 시기를 알 수 있어 우리나라 석탑 조성 시기를 파악하는 기준이 되는 고려시대 석탑으로 평가된다.
국가유산청은 이 석탑이 비교적 명확한 조성 시기와 함께 고려 왕실과 불교의 관계를 보여주며, 통일신라 말기 양식을 계승하면서 고려시대 새로운 조영 기법이 나타난 점에서 역사적·학술적·예술적 가치가 크다고 설명했다.
국가유산청 관계자는 "이번 국보 지정 기념행사를 통해 '서산 보원사지 오층석탑'이 국보로 지정되었음을 널리 알리고, 지역사회에 새로운 활력을 불어넣는 계기가 되기를 기대한다"며 "앞으로도 체계적인 관리와 활용이 이뤄질 수 있도록 서산시, 충청남도와 함께 지속적으로 노력해 나갈 것"이라고 했다.
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