수사·기소 분리를 위해 공소청은 법무부 소속으로, 중수청은 행정안전부 산하로 각각 두고 중수청의 업무 전반에 대해서는 행안부 장관이 일반적 지휘·감독권을 갖도록 하는 내용이 핵심이다.
9대 범죄 외에도 공소청 또는 수사기관 소속 공무원의 범죄, 개별 법령에 따라 중수청에 고발된 사건도 수사 가능하다.
공소청 법안에서는 공소청 검사의 직무 1호에서 ‘범죄수사’와 ‘수사개시’ 부분을 삭제하고 ‘공소의 제기 및 유지’로 명시해 공소 전담기관으로 재편됨을 명확히 했다.
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