산업과 에너지를 분리하면서 규제 강화에 대한 산업계의 부담이 커지는 가운데, 발전원이 재생에너지에만 치중될 수 있다는 석탄·원전 업계의 불안감도 확산하고 있다.
앞서 국회입법조사처 역시 '기후·에너지 관련 정부조직 개편의 쟁점과 과제' 보고서를 통해 "한 부처에 기후·환경 규제와 에너지 산업 진흥이라는 상반된 정책 목표가 동시에 부여되는 만큼 이 두 기능이 화학적으로 수월하게 결합할 수 있을지 우려된다"고 지적한 바 있다.
원전·화력 발전이 가장 저렴한 상황에서, 기후부가 재생에너지 확대에 치중할 경우 전기요금 인상은 불가피하다.
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