문제는 이 과정에서 누가 대장내시경을 할 것인가를 두고 의료계가 내과(대한소화기내경학회·대한위대장내경학회), 외과(대한외과학회·대한대장항문학회), 대한가정의학과의사회 등으로 갈라져 갈등을 빚고 있다는 점이다.
정부는 외과·가정의학과 전문의의 대장내시경 인증 자격은 인정했지만, 정작 연수 교육 평점은 내시경학회(소화기내과) 교육만 인정하는 절충안을 내놓은 것이다.
현재 내시경 검사의 주도권을 쥔 건 소화기내시경학회다.
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