전공의들은 당시의 지위와 근로계약 등을 고려하면 정부가 사직서 수리를 거부한 행위가 부당하다고 주장했으나 수련병원과 정부는 국민의 기본권을 위한 적법한 조치였다고 맞섰다.
이에 국립중앙의료원 측은 '공정력'이 있어서 1년 단위 수련 계약이 끝난 시점 이후에도 현씨 등의 전공의 지위가 유효하고, 이에 따라 사직서 불수리는 적법하다고 주장했다.
이에 지난해 6월부터 사직 전공의들은 정부와 수련병원을 상대로 손해배상과 퇴직금을 청구하는 소장을 냈다.
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