논문 관련 의혹을 다섯 가지로 분류했는데 △제자의 학위논문임을 밝히지 않고 제1저자로 학술지에 발표 △제자의 학위논문임을 밝히지 않고 교신저자로 학술지에 발표 △제1저자로 참여한 학술지 논문이 제자의 학위 논문보다 먼저 게재 △제1저자로 참여한 논문의 중복 게재 등이다.
이 후보자 측은 제자 논문 가로채기 의혹과 논문 중복 게재 의혹에 관해 대한건축학회·한국색채학회의 입장문으로 반박했다.
이 후보자 측은 “규정을 위반한 부분이 국민 눈높이에 맞지 않아 송구스럽게 생각한다”면서도 논문 표절 의혹에 대해선 “충분히 소명 가능하다”며 인사청문회에서 해명하겠다는 입장을 밝혔다.
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