헌재는 헌법과 감사원법상 감사원에게 선관위에 대한 직무감찰권이 없으며 이에 따라 감사원의 직무감찰은 선관위의 독립적인 업무수행을 방해한 것이라고 판시했다.
헌재는 “선관위의 직무감찰 대상에서의 배제가 곧바로 부패행위에 대한 성역의 인정으로 호도되어서는 안 된다”며 “선관위가 감사원의 직무감찰 대상에 포함되지 않는다고 하더라도 국민의 대표인 국회에 의한 국정조사와 국정감사 및 수사기관에 의한 외부적 통제까지 배제되는 것은 아니다”라고 말했다.
당시 선관위는 감사원의 감찰을 거부하고 자체 감사를 통해 고위 간부 4명을 경찰에 수사 의뢰했으며, 감사원의 직무감찰이 선관위의 권한을 침해했다고 헌재에 권한쟁의심판을 청구했다.
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