그러나 간이과세자에게 유리한 세금 계산 구조가 되기 위해서는 '재고납부세액'이라는 제도를 거쳐야 한다.
재고납부세액이란 일반과세자일 때 공제받았던 매입세액을 간이과세자로서 세액공제로 받을 수 있는 금액과 비교 정산해 납부세액에 가산하는 것이다.
위의 계산 구조를 분석해보면 건물 및 구축물은 20개 과세기간 이내에 매입세액을 환급받았을 경우 재고납부세액이 발생하며, 그 외 자산은 4개 과세기간 이내 매입세액 환급에 대해 재고납부세액이 발생한다.
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